推斷死亡原因和致死方式是確定死亡性質的關鍵。有無致命性損傷、有無中毒是檢驗的重點，注意發現顱骨、舌骨、肋骨等有無暴力作用造成的骨折及遺留的工具痕跡等，研究其形成機制，有助于確定死亡原因及案件性質。

白骨化案由于受尸體條件限制準確確定死亡原因已難以實現，只能用排除法推斷死亡原因，通過骨骼上的損傷推斷可能的死亡原因。

打擊頭部致死者，顱骨上會留下各種形態的骨折、缺損、砍擊痕跡。分析顱骨骨折形成的機制有助于確定致傷工具及被害時的體位，從而進一步確定案件性質;舌骨骨折，提示頸部曾受過扼壓，其死亡原因不排除機械性窒息。觀察胸骨、肋骨、肩胛骨上有無銳器刺擊或砍擊形成的痕跡，進而推斷是否存在失血性休克造成的死亡。對于電擊、投毒、某些機械性窒息、刺器未傷及骨骼造成的死亡，檢驗骨骼很難發現損傷，死亡原因受客觀條件限制，難以確定。

有條件的情況下，對每起白骨化尸體均應做毒物檢驗，取肝臟、胃部位泥土進行毒物分析;懷疑重金屬中毒，取骨骼進行檢驗。